伴随着悠扬的手风琴音，谜之少女走入了错综复杂，又横亘交错的城市街道中，那宛如迷宫一样的城市中。
而来自外界的女盗贼，用类似西尔佛检视镜的装置，看穿了少女的伪装，她们试图抓住少女并逼迫她交出心之水滴。
而在这关键的时候，小智与皮卡丘穿越了迷宫，如命运般的邂逅，来到了陷入危机的少女面前，并将她从危机的环境中救出。
从那个时候，谜之少女便记住了这位带着皮卡丘的少年。
三人来到了大圣堂，但是小智并不知道女贼的监视器已经盯上他了。进入圣堂，他们遇到了博物馆的导游本葛雷先生。
忽然，小智注意到二楼有位少女正在收拾画具，那正是刚才的少女！
小智决定一探究竟，他对小霞和小刚说有事情让他们在宝可梦中心等他，跑出博物馆，在看到少女之后他和皮卡丘追过去，此时飞行监视器跟上了小智。
循着少女的脚步，少年开始不顾一切的奔跑，跑出教堂，跑过桥梁，跑过若干条街道。
在一座桥边，小智叫住了对面的少女，问她刚才为什么什么也没说就跑掉了，但少女却不知道他在说些什么。
少年也同样不解，于是带着皮卡丘继续前进着，迷失在了城市的十字路口。
正当他不知该向何处寻找时。
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