就在同一日的白天。
城都地区的南方海域中，水之都“奥多马雷”。
它被誉为世界上最美丽的城市。城市之中，有着著名的建筑“大圣堂”以及“太阳之塔”。
这建筑，是人们怀着感恩传说宝可梦守护了城市的心，而建造的。
而在这里，在城都地区旅行的小智，为了参加一年一度的宝可梦水上竞赛而来到奥多马雷，于是，遇见了拥有神奇招式的宝可梦，拉帝亚斯和拉帝欧斯。
拉帝欧斯是哥哥，拥有如天空和海一般的蓝色。
拉帝亚斯是妹妹，拥有比夕阳更浓郁的火红色。
它们彼此感情深厚，共同守护着城市的宝物“心之水滴”。
然而，怪盗姐妹桑娜和莉安盯上了这件宝物。
为了得到心之水滴，她们盯上了水都的双子。
拉帝亚斯会幻化成名为卡侬的绘画少女，在奥多马雷的街头玩耍与漫步。在某个有着水龙头的小广场中，小智和皮卡丘，与拉帝亚斯幻化的“谜之少女”相遇了。
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